La población zipaquireña es en su mayoría es católica romana, por lo que la ciudad cuenta con 2 catedrales y más de 20 iglesias o templos, que celebran el rito católico, un pequeño porcentaje de la población es perteneciente al culto cristiano y otro porcentaje más pequeño a La iglesia de los testigos de Jehová. Algunos de los templos de rito católico son:
- Catedral de la Santísima Trinidad y San Antonio de Padua de Zipaquirá.
- Catedral de Sal de Zipaquirá, la Primera Maravilla de Colombia.
- Iglesia de la Esmeralda.
- Iglesia de San Pablo.
- Iglesia de San Rafael.
- Iglesia de San Carlos.
- Iglesia de Barandillas.
- Iglesia de los dolores, se considera la primer iglesia de Zipaquirá, edificada en el s. XVII.
- Iglesia del Convento de las hermanas de CASAF.
- Iglesia del cedro, esta iglesia ha recibido el título de la Capilla Sixtina de Latino américa.
- Capilla del Sagrario.